全部スクリプトでやらなくちゃいけない理由でもあるんですか？

おっしゃってるような、オーバーレイで色を重ねる方法でも、
あるいはフィルターの「カラー調整」で彩度を変化させる方法でも、
トゥイーンで「徐々に上げ下げ」は可能です。

スクリプトは、せいぜい goto と play, stop くらいで制御できますよ。

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笠居 マッドシー
http://www.mad-c.com/