僕がよくやってるのは
flaファイルの方に

_root.debug= function(){
trace("デバック開始");
}

とか書いてtraceの場所をブレイクポイントに指定しておきます。
次に、外部スクリプトからブレイクポイントを指定したいときは、

_root.debug();

をはさんで、ブレイクさせてます。