HTMLに読み込む形式（インライン再生）だと、キー入力が出来ません。
この場合、インタラクティブ要素がなくなるのでFlashを利用するメリットがなくなります。

また、インライン再生の場合には、HTMLファイルの容量も含めて20KBという制限があるようです。

キー入力がなく、容量の制限もきついのなら他のアニメーションGIFなどのほかの形式で作成したほうが良いと思います。

以上が、Flashでインライン再生を使わない理由ではないでしょうか。

私のサイトでもFlashLiteに関する情報を提供していますので、参考になるかもしれません。

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うすあじFlash研究所
HSPセンター