本当ですね＾＾；
どうもJavascriptを使わずにフツーに開いてるみたいですね。
Win Safariで見ていると別ウインドウがポコッとできたので、
てっきりJavascriptを用いたポップアップウインドウだとばかり思っていました。

実は疑問の発端となったフラッシュは、横1000px*縦630px、固定サイズウインドウで制作したのです。
そのフラッシュコンテンツ上から、クリックで別サイトに飛べるようにする必要があったのですが、
Javascriptを使わずにnavigateToURLを使うと、
横1000px*縦630pxの中で新ウインドウが開きます。
それでやむなくJavascriptを使ったのですが、そこからわからなくなりました。

フルスクリーンでフラッシュサイトを作ると、
他サイトへのリンクという点では楽そうですね。

お返事いただいたmayorさん、nioia321さん、ありがとうございました。