ほ、ほんとですね・・・。
Firefoxでもポップアップウインドウが開きません。
インストールしていたFirefoxアドオンのWeb Developer（ver1.1.6）で、
「ポップアップブロックを無効にする」になっていたので、
今まではうまくポップアップしてくれていただけのようです。
制作環境とチェック環境を分けないとダメですね＾＾；

packageはpopup.asとか名前を付けて、該当flaファイルと
同階層に置いてパブリッシュすればいいのかなぁ。
SWFObjectを含んだJavascriptコード（みたいなもの）は、
navigateToURLの引数で使えばいいのかな。

ちょっと初心者には難解っぽいですが、夜にでもちまちまやってみます。
貴重な情報、ありがとうです。